GPIOボードのEthernetポートを使って通信は可能でしょうか？

可能です。
Ethernet ポートを使用する場合は、管理メニュー > [ネットワーク設定] から、[有線LAN] IP アドレスの設定が必要です。
開発方法ですが、KeiganALI は、TCP/IPを使用した、 REST API / MQTT API に対応しています。

参考: https://support.keigan-ali.com/pages/systemDevelopment/softwareDevelopment/softwareDevelopment_6.html

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